Anche se oggi sono ormai estinti, un tempo i Rachni erano una grave minaccia per l'intero spazio della Cittadella. Più di 2.000 anni fa, degli esploratori aprirono ingenuamente un portale galattico che conduceva a un sistema inesplorato, trovandosi di fronte una specie di insetti in grado di viaggiare nello spazio e guidato da un'intelligenza collettiva.

Purtroppo i Rachni non avevano intenzioni pacifiche, tanto che la galassia venne sconvolta da una serie di conflitti passati alla storia come la Guerra dei Rachni. Qualsiasi tentativo di negoziare una tregua risultò vano, essendo impossibile stabilire un contatto con le regine rachni che guidavano l'inera specie nelle profondità del loro tossico pianeta natale.

L'ascesa dei Krogan pose fine alla Guerra dei Rachni. Potendo sopravvivere in ambienti molto ostili, i Krogan riuscirono a stanare le regine e a riconquistare i pianeti del Consiglio occupati dai Rachni. Ma questi ultimi rifiutarono di arrendersi anche quando le flotte dei Krogan li respinsero fino al loro pianeta natale. Il conflitto terminò con la totale estinzione dei Rachni per mano dei Krogan.